Sitôt après avoir réussi l'épreuve du labyrinthe, Thomas et ses amis sont conduits dans un vaste laboratoire-bunker, où ils rejoignent des dizaines d'autres jeunes qui ont également passé l'exigeant test. Dans ce lieu hyper-sécurisé, qui se révèle être une geôle, se déroulent des recherches visant à enrayer le virus qui a transformé les êtres humains en monstres meurtriers, sur une Terre ravagée par un cataclysme solaire. Découvrant, grâce au sagace Aris, que sa compagne Teresa sera utilisée comme cobaye pour ces expériences, Thomas parvient à la délivrer puis à prendre la fuite avec elle, ses autres camarades et Aris. Selon ce dernier, il existerait, au-delà de déserts arides et périlleux, une montagne où survivent des hommes et des femmes qui n'ont pas encore été contaminés et qui résistent aux autorités en place.