Ayant perdu ses pouvoirs surhumains lors d'un affrontement, Alice se réveille dans la Ruche, une forteresse souterraine de la compagnie Umbrella, responsable de la propagation d'un virus qui a transformé presque tous les habitants de la planète en zombies cannibales. Tandis que la militaire tente de s'évader, un commando localise le complexe dans un cimetière de sous-marins en Russie. Au moment où ses compagnons d'armes pénètrent à l'intérieur, Alice se fraie un chemin vers la surface en éliminant les nombreux assaillants lancés à ses trousses par le cerveau cybernétique surnommé la Reine rouge. La jeune femme découvre au passage de nouveaux indices sur son mystérieux passé et comprend mieux comment le virus s'est répandu de New York à Moscou. Rejoignant ses amis du commando, Alice se dirige vers Washington où une terrible surprise l'attend.