Sean, un adolescent intrépide, intercepte illégalement un signal de détresse codé qui pourrait bien révéler l'emplacement où se trouve son grand-père, un explorateur excentrique disparu depuis des années. Arrêté par la police, le garçon fait fi des inquiétudes de sa mère et continue ses recherches. Épaulé par son beau-père, qui souhaite nouer des liens affectifs avec lui, Sean réussit à déchiffrer le document, qui fournit les coordonnées d'une île mystérieuse. Tous deux s'envolent pour Palau où ils sont escortés en pleine mer par un pilote d'hélicoptère et sa fille incrédule. Après avoir traversé un cyclone, le petit groupe échoue sur les plages de l'île, qui s'avère en réalité un endroit inhospitalier. Sauvés in extremis par le grand-père réapparu, les aventuriers apprennent qu'ils sont sur la mythique Atlantide. Cependant, l'île volcanique est sur le point d'être anéantie, et seul le légendaire sous-marin Nautilus pourrait leur permettre de quitter les lieux au plus vite.