Avant de mourir, un savant met la touche finale à sa dernière création, 9, une marionnette confectionnée avec des bouts de ficelles mais dotée d'une parcelle d'âme. Errant dans un monde dévasté par une guerre qui a décimé l'espèce humaine, 9 découvre d'autres pantins, qui ne sont autre que des versions antérieures à lui-même (1 à 8). Tous ces petits êtres, placés sous la gouverne autoritaire de 1, ont trouvé refuge dans une vieille église délabrée, à l'abri des machines qui ont détruit l'humanité et qui les pourchassent inlassablement. Quand 2 est enlevé par un terrible automate sous les yeux de 9, ce dernier décide de le libérer. Mais au cours de l'opération de sauvetage, il active par mégarde la machine suprême qui aspire les âmes. 9 doit alors rallier tous ses compagnons et défier l'autorité de 1 pour trouver un moyen d'éliminer cet adversaire redoutable. Leur salut réside dans un mécanisme aux hiéroglyphes insolites inventé par le savant, lui-même responsable de la prolifération des machines destructrices.