Des inscriptions anciennes découvertes dans une caverne de l'île d'Okinawa prédisent l'apparition d'un être gigantesque capable de détruire une grande partie du monde. De fait, peu après, surgit Godzilla qui se met à faire des ravages pour être attaqué bientôt par un autre monstre semblable. Il appert que le premier Godzilla est un robot manoeuvré par des extra-terrestres. Le véritable Godzilla a fort à faire pour lutter contre lui, mais une autre créature légendaire, Seeser, est suscitée par des formules magiques pour lui prêter patte forte.