À la suite d'un ouragan dévastateur, on découvre dans la mer du Japon un oeuf énorme flottant sur les eaux. Un peu plus tard, réapparaît le monstre Godzilla que l'on croyait disparu. Ce dernier détruit tout sur son passage sans que rien, ni l'armée, ni l'aviation, ni les décharges électriques ne puissent l'arrêter. On fait alors appel à l'insecte géant Mothra pour lutter contre Godzilla. Mothra meurt au combat, mais l'oeuf qu'il avait pondu éclot pour donner naissance à deux chenilles qui se lancent aussitôt à la poursuite de Godzilla. Après un combat acharné, ce dernier est de nouveau anéanti.