Après un violent ouragan, un pêcheur de la côte de la Floride doit quitter sa famille pour aller faire réparer sa barque. Durant son absence, son jeune fils, Sandy, secourt un dauphin blessé qu'il ramène dans un bassin naturel attenant à la maison familiale. Le cétacé, que Sandy a baptisé Flipper, s'attache à son sauveteur et lui manifeste de diverses façons son amitié. Comme Flipper coûte cher à nourrir, le père, à son retour, oblige Sandy à lui rendre sa liberté. L'enfant se soumet, mais le dauphin revient souvent voir son ami. Il sauve même de la mort Sandy, attaqué par des requins.